El aula es el principal espacio de referencia del alumnado pues es donde más tiempo pasa. Las aulas del Colegio Anejas son luminosas, soleadas y están equipadas con todos los medios materiales y técnicos necesarios. A partir de tercer curso todas disponen de pizarra digital y se prevé equipar de forma progresiva el resto.

Las paredes del aula son soporte de hojas secas en otoño, algodones que simulan nieve en invierno y coloreados dibujos en primavera. Además un tablón donde aparece el menú del comedor, anuncios varios y por todas las paredes aparecen carteles con reglas ortográficas, relojes, fotos de salidas, trabajos de plástica,  calendarios, láminas de ciencias, recortes de prensa…. Son espacios vivos y cambiantes.